長期單純施用單質(zhì)化肥，使土壤微生物被抑制，有機質(zhì)含量逐年下降，化肥殘留，造成土壤板結(jié)，透水性、透氣性和吸光性變差，保肥能力降低。

單質(zhì)化肥利用率低和易造成土壤板結(jié)的缺點，淋溶、揮發(fā)、徑流和農(nóng)產(chǎn)品中有害物質(zhì)的殘留，不僅給人類生存環(huán)境帶來污染，而且直接危害人體健康。

單純施用化肥，其增產(chǎn)效果已近極限，致使農(nóng)業(yè)投入不斷增加，加重了農(nóng)民負擔。

秸稈腐熟劑和畜禽糞便、有機垃圾發(fā)酵劑隨著經(jīng)濟的發(fā)展，農(nóng)畜業(yè)集約化經(jīng)營和農(nóng)業(yè)ltqy的發(fā)展，農(nóng)畜業(yè)廢棄物和生活垃圾污染環(huán)境的現(xiàn)象日益嚴重，如何處理這些有機廢物一直是令環(huán)保部門頭疼，被農(nóng)業(yè)gz的問題。一些發(fā)達國家開始采用微生物發(fā)酵方法處理固體有機廢棄物。中國也有一些單位開始對固體有機廢物進行試驗和應用。
許多固氮微生物，尤其是共生固氮的根瘤菌，均有固氮酶，它們在常溫常壓下即可將氮轉(zhuǎn)化為氨，根瘤中固定的氮可以全部為植物吸收利用，所以其利用率比化學氮肥高得多。這些yz氮素化合物可以供給豆科植物一生中的主要氮素需要。如果根瘤菌肥料中使用的是經(jīng)過選育優(yōu)良菌種，加之制品中的數(shù)量優(yōu)勢，在與土著（野生）群體根瘤菌競爭當中占據(jù)有利位置，不僅可以取得增產(chǎn)增收的效果，而且可以節(jié)約大量的氮素化肥。減少環(huán)境污染和節(jié)約生產(chǎn)成本。