生物肥料不能直接提供作物吸收的營養(yǎng)物質(zhì)(bao括氮、磷、鉀和多種礦質(zhì)元素)，而是通過大量活的微生物在土壤中的積極活動來制造和協(xié)助作物吸收營養(yǎng)物質(zhì)或產(chǎn)生生長素來刺激作物的生長，這與化肥作用方式在本質(zhì)上是不同的。并且生物肥所能提供的肥效不能滿足作物生長對營養(yǎng)物質(zhì)的需求。因此，那種認為生物肥料可以替化肥的看法是一種誤解，有的把生物肥料神秘化，冠以“高新技術(shù)”產(chǎn)品，無限夸大其作用也是錯誤的，在農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中生物肥料的使用與化肥的使用應(yīng)當(dāng)相輔相成。
耕地質(zhì)量的退化，土壤有機質(zhì)含量的下降，導(dǎo)致了土壤保水保肥能力的降低，風(fēng)侵、水侵加劇，形成惡性循環(huán)。肥料、水分流失嚴重，水、肥利用率下降。當(dāng)前，我國化肥的有效利用率遠遠低于發(fā)達國家水平。國內(nèi)化肥，氮、磷、鉀的投入比例為1：0.41：0.27，與合理施肥水平還有一定差距，尤其是鉀肥的投入比例較小，也是影響肥料利用率不高的重要因素。
施肥量日益增長，土壤結(jié)構(gòu)中有機質(zhì)比重下降，保水、供肥、通透能力和性能變差，板結(jié)嚴重，造成水土流失，生態(tài)失調(diào)。我國耕地墾殖年久遠，加上長期只重用地不顧養(yǎng)地，造成耕地養(yǎng)分失調(diào)，地力下降，雖然耕地產(chǎn)出量大幅度提高，但負荷過重，耕地養(yǎng)分投入與產(chǎn)出嚴重失衡。目前，除少數(shù)地區(qū)外，全國絕大多數(shù)耕地土壤肥力不高，土壤有機質(zhì)平均為1.8％左右，旱地僅為1％左右，而歐美等國的耕地土壤有機質(zhì)一般在5％—8％。而且我國很少種植有養(yǎng)地作用的多年生牧草，近年來綠肥的面積也下降很多，加之，有機肥（如：牛、馬、豬、雞等糞便發(fā)酵）的施用量也逐年遞減。