2003年，原湖北中醫(yī)學(xué)院與原湖北藥檢高等?？茖W(xué)校合并，成立新的湖北中醫(yī)學(xué)院。湖北藥檢高等?？茖W(xué)校成立于 1958年12月，它的前身是成立于1939年的湖北省立護(hù)士職業(yè)學(xué)校，是全國僅有的一所以藥學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)為主干學(xué)科的高等?？茖W(xué)校，在藥學(xué)及醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)領(lǐng)域具有一定特色與優(yōu)勢。2010年3月18日，教育部批準(zhǔn)湖北中醫(yī)學(xué)院更名為湖北中醫(yī)藥大學(xué)。

院系設(shè)置截止至2014年，學(xué)校設(shè)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部、臨床醫(yī)學(xué)院、護(hù)理學(xué)院、針灸骨傷學(xué)院、藥學(xué)院、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)與技術(shù)學(xué)院、文法系、管理學(xué)院、信息工程學(xué)院、外語系、體育部、研究生部、海外教育學(xué)院、繼續(xù)教育學(xué)院、臨床技能實(shí)訓(xùn)中心和中醫(yī)藥實(shí)驗(yàn)中心等16個教學(xué)系（院）部（中心）。

截止至2014年，圖書館現(xiàn)擁有紙質(zhì)藏書94余萬冊，中外期刊1千余種，電子文獻(xiàn)642件，電子期刊近9000種，有多個網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫，內(nèi)部交換資料3500種，40000余冊。截止至2014年，學(xué)校主辦的《湖北中醫(yī)雜志》、《湖北中醫(yī)藥大學(xué)學(xué)報》、《中西醫(yī)結(jié)合肝病雜志》、《中國中醫(yī)骨傷科學(xué)雜志》已在20多個國家和地區(qū)公開發(fā)行，其中《湖北中醫(yī)雜志》　、《中西醫(yī)結(jié)合肝病雜志》、　《中國中醫(yī)骨傷科學(xué)雜志》被評為中文核心期刊。